一、银鲴自然群体线粒体DNA的遗传分化（论文文献综述）
刘思磊[1]（2019）在《长江下游鳊种群生态学及遗传多样性研究》文中研究表明鳊隶属鲤形目,鲌亚科,是鳊属唯一的种,广泛分布在我国各地的江河湖泊,是重要的经济鱼类之一,也是长江多个江段的鱼类优势种之一,在渔业生产中有着重要的作用,现在的学者对于鳊的研究不多,主要集中在遗传多样性、病理病害、生态学等方面,针对种群生态学研究报道仅见黑龙江绥滨段和青菱湖,而长江干流相关的调查未见报道,如今人们对生态环境的破坏日益严重,鱼类的生存环境岌岌可危,渔业资源数量急剧减少。本实验以长江下游鳊种群为研究对象,从种群生态学和遗传多样性两个方面研究,为了解长江下游鳊的现状和资源保护提供科学依据。1、本实验以鳞片为年龄材料鉴定年龄,耳石重量验证鉴定的准确性。雌性鱼类的年龄结构为1-4龄,2龄鱼类最多,占雌性鱼类的65.3%,其次是3龄,最少的是4龄鱼类,占雌性鱼类的4.10%;对于雄性鱼类,年龄结构是1-6龄,2龄鱼类的数量最多,占总雄性群体的60.90%,其次是3龄,最少的是5龄和6龄鱼类,总计占雄性群体的1.18%,平均体长也是随着年龄的增加而增加。2、长江下游鳊渔获物体长范围是27.16-330.00mm,平均体长154.01±44.63mm,优势体长范围100.00-199.99mm,占总个体的75.78%;体重范围是0.24-723.00g,平均体重79.42±75.03g,优势体重范围0.24-99.99g,占总个体的73.20%。体长和体重的关系用幂指数函数拟合:y=1.0×10-5x3.0674（R2=0.973）;鳞径和体长在雌雄之间差异显着,拟合关系式y（雌性）=49.429x+29.424（R2=0.7968）、y（雄性）=39.252x+60.501（R2=0.6486）,Von Bertalanffy生长方程雌性:Lt=333.41×[1-e-0.30（t+0.17）],雄性:Lt=325.26×[1-e-0.21（t+0.51）],雌性和雄性的拐点年龄分别是3.57龄、4.83龄,体长和体重分别是224.84 mm、163.74 g和219.28 mm、151.63 g。3、雌雄性别比例为1:0.91,雌性略多于雄性,在不同年龄组和不同体长组中性比也会有所不同;雌性的最小性成熟个体,体长113.15mm,体重26.14g,年龄为1龄;雄性的最小性成熟个体,体长137.59mm,体重37.26g,年龄为1龄;鳊属于重复产卵类型,卵径的范围是0.56-1.15mm,平均值0.85±0.16mm,绝对繁殖力（F）1630.34-154247.31粒,平均值35792.16±39380.64粒,相对单位体重繁殖力（FW）10.99-383.70粒/g,平均值120.06±89.68粒/g。4、长江下游3个地理群体测序结果比对处理获得线粒体D-loop区长度为855bp的序列,与NCBI数据库比对数据同源性达到99%以上,发现50个单倍型,不同江段单倍型数量范围19-23个,单倍型多样性（Hd）范围0.966-0.984,总体单倍型多样性（Hd）0.982±0.004;多态位点数22-28,核苷酸多样性范围0.00565-0.00586,总体核苷酸多样性（π）0.00556±0.00025,属于高遗传多样性、低核苷酸多样性;群体内的遗传距离是0.0055-0.0057,地理群体间的遗传距离范围0.0055-0.0057,遗传分化系数范围-0.00198-0.01379,基因流都处于较高的水平,说明群体间基因交流频繁,遗传分化程度低。5、镇江段鳊的开捕体长和开捕年龄分别为234.81 mm,1.49 a,表明鳊的幼鱼和补充群体为主要捕捞对象,而大量幼鱼个体的损失则会导致成鱼资源下降以及繁殖个体减少根据种群补充模式图统计,可以保护约62.35%的补充群体,如果将禁渔期进一步延长至8月底,则可以保护88.22%的补充群体,这对于促进镇江段鳊及其他经济鱼类的资源养护及可持续利用具有积极意义。
龙水生[2]（2018）在《弓背青鳉线粒体DNA遗传多样性分析》文中认为弓背青鳉（Oryzias curvinotus）隶属怪颌鳉科（Adrianichthyidae）,青鳉属（Oryzias）,是一种广盐性、广温性、产卵量大、世代周期短及易于在实验室饲养的小型鱼类。弓背青鳉（O.curvinotus）是南方沿海分布的土着鱼类,与同属中研究最为清晰的日本青鳉（Oryzias latipes）亲缘关系密切,且都具有XX-XY性别控制系统,具有极好的理论研究价值。对弓背青鳉（O.curvinotus）生态学调查及其线粒体DNA遗传多样性分析,丰富了其生物学背景研究,为发展弓背青鳉（O.curvinotus）为模式生物的研究提供支撑。具体研究结果主要包括五部分:1.弓背青鳉（O.curvinotus）的生态学调查水的理化指标:盐度范围为0.14-33.57;水温范围为9.58-40.9℃;p H值范围为7.2-9.38;溶解氧的范围为2.11-17.12 ppm。弓背青鳉（O.curvinotus）栖息生境特征是:生活在水流平缓并有植物的水域中,一旦食蚊鱼（Gambusia affinis）发展成为优势种,弓背青鳉（O.curvinotus）的数量将大大减少。2.盐度对弓背青鳉（O.curvinotus）受精卵孵化的影响粤西高桥地区弓背青鳉（O.curvinotus）的受精卵在淡水到45盐度范围内均可孵化,在25盐度时,受精卵的孵化率最高;在20盐度时,受精卵的孵化周期、培育周期均最长,而低盐度（0-10）和高盐度（40-45）周期相对较短。3.弓背青鳉（O.curvinotus）遗传性别鉴定开发了1对可以快速、准确鉴定弓背青鳉（O.curvinotus）遗传性别的引物,该对引物通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳可以判定检测个体的遗传性别,雄性个体（XY）可以扩增出959 bp和656 bp 2条条带,而雌性个体（XX）只能扩增出1条656 bp条带。4.弓背青鳉（O.curvinotus）线粒体基因组全序列测定与系统进化分析测定并注释了弓背青鳉（O.curvinotus）线粒体基因组全序列,结果表明,弓背青鳉（O.curvinotus）线粒体基因组序列全长为16676 bp,基因排列和构成与其他硬骨鱼大体一致,包含37个基因和1个控制区。13个蛋白质编码基因,除了COⅠ基因以GTG为起始密码子外,其余编码蛋白基因均以ATG为起始密码子。22个t RNA基因的二级结构均呈典型的三叶草状。基于9种青鳉属（Oryzias）鱼类线粒体基因组全序列构建的进化树表明,弓背青鳉（O.curvinotus）与吕宋青鳉（Oryzias luzonensis）的亲缘关系比较近。5.基于COⅠ基因与D-loop区的南方沿海弓背青鳉（O.curvinotus）遗传多样性分析基于mtDNA COⅠ基因分析结果:136条COⅠ基因序列（579 bp）中,共发现77个变异位点,碱基转换/颠换比值（TS/TV）为5.42;平均核苷酸差异数、核苷酸多样性、单倍型多样性及单倍型数分别为9.709、0.01677、0.967、52;AMOVA分析揭示遗传差异主要发生在群体间;基于COⅠ基因序列构建的进化树绝大多数个体按照采样点进行聚类。基于mtDNA D-loop分析结果:141条D-loop区序列（507 bp）中,共检测到37个变异位点,碱基转换/颠换比值（TS/TV）为2.79;平均核苷酸差异数、核苷酸多样性、单倍型多样性及单倍型数分别为2.923、0.00577、0.911、29;AMOVA分析揭示遗传差异主要发生在群体间;基于D-loop区构建的进化树,多数个体没能按照采样点进行聚类。研究表明,弓背青鳉（O.curvinotus）线粒体COⅠ基因比D-loop区具有更多的信息位点,更适合用于弓背青鳉（O.curvinotus）的遗传多样性研究。根据COⅠ基因和D-loop区序列检测群体遗传多样性的结果,南方沿海弓背青鳉（O.curvinotus）群体的遗传多样性高,群体经历过群体扩张事件,遗传结构分化明显,因此需要划定保护单元。
李瑶瑶,刘云国,刘凌霄,王敏强[3]（2017）在《基于分子系统学的鱼类种质鉴定技术》文中研究说明在生物学的探讨研究中,我们发现对物种进行准确的分类鉴定有益于其研究,并且可以改进对资源的保护手段和方法,鱼类种质鉴定技术已成为当前水产品贸易面临的一个新课题,它作为鉴定鱼类种质的依据,能最大程度地发挥鱼类的经济效应,为鱼类优良经济性状的保存、开发和利用提供一种科学的方法。现在分子生物学迅速发展,分子系统学研究技术在鱼类的种质鉴定中得到广泛应用。文章介绍了生物学分类方法的演变,列举了一些常见的鱼类系统分类和种质鉴定的分子技术。从分子水平上进行鱼类种质鉴定研究,弥补了传统形态学鉴定的某些局限,这对进出口口岸生物监测、非法贸易中的物种鉴定具有重要的理论意义和应用价值。
刘军,赵良杰,刘其根,张宏[4]（2015）在《不同水系银鲴自然群体线粒体COI基因遗传变异研究》文中研究指明为了解银鯝（Xenocypris argentea）的遗传资源状况,利用线粒体COI基因序列比较分析长江、钱塘江和黑龙江水系中银鲴群体的遗传多样性和种群分化情况。结果显示,在110条528 bp的COI序列中,碱基T、C、A、G的平均含量分布为27.13%、18.56%、28.70%、25.61%,检测出变异位点15个。多样性分析显示,各地理种群单倍型多样性均较高,核苷酸多样性均较低,长江群体单倍型多样性（0.742±0.0530.911±0.033）高于黑龙江（0.731±0.087）和钱塘江（0.552±0.137）群体,推测与不同地理群体所处生境多样性有关。单倍型网络结构显示出明显的地理分布格局,3个群体两两之间都存在显着的遗传分化,分子变异方差分析（AMOVA）也显示银鲴群体的遗传变异主要发生在水系之间（40.21%）,进一步说明银鲴种群之间的遗传分化与种群间的地理隔离有关。种群历史分析显示,只有长江群体的中性检测呈现显着的负值（FS=-7.078 21,P<0.05）且岐点分布呈现明显的单峰,共同支持该群体在近期发生过种群扩张事件,而钱塘江和黑龙江两群体与长江群体都经历着不同的种群历史事件。
贾向阳[5]（2014）在《拟缘（鱼央）（Liobagrus marginatoides）遗传多样性及其种群结构分析》文中研究说明拟缘鱼央（Liobagrus marginatoides），隶属硬骨鱼纲（Teleostei）、鲇形目（Siluriformes）、钝头鮠科（Amblycipitidae）、鱼央属（Liobagrus），是我国长江上游水系特有的一种小型鱼类。通常长江上游水系，包括：长江干流、金沙江、岷江、嘉陵江等，近年来长江上游水系大规模兴建了一系列的梯级水电工程以及水体污染等因素，在很大程度上改变了拟缘鱼央生存流域的环境。因此，为了了解拟缘鱼央遗传多样性及其种群遗传结构情况，本文从核基因组和线粒体基因组入手，利用自开发的微卫星分子标记和线粒体基因组DNA分子标记，对采集于长江上游水系的拟缘鱼央6个地理种群进行数据分析,主要的研究结果有如下几方面：1.利用线粒体DNA对拟缘鱼央进行种群遗传结构分析（1）通过对鱼央属4种鱼：黑尾鱼央、白缘鱼央、金氏鱼央、拟缘鱼央，线粒体基因组序列进行比对分析，筛选出16SRNA、D-loop、Cytb基因作为拟缘鱼央遗传结构分析的分子标记。利用16SRNA分子标记对142条拟缘鱼央序列进行分析，共检测出26个变异位点、11个单倍型，单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.34112和0.00067；用D-loop分子标记数据分析134尾拟缘鱼央，总共检测出38个变异位点、39个单倍型，单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.68230和0.00188。用Cytb基因标记分析145尾拟缘鱼央，检测出变异位点21个、单倍型16个，单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.26858和0.00087。与同属于长江流域的其他鱼类相比较，如长鳍吻鮈、圆口铜鱼等，拟缘鱼央种群的遗传多样性程度比较低。（2）通过对单倍型的网络分布图及其系统发育树分析发现，拟缘鱼央单倍型分布情况与地理位置有一定的对应关系。通过16SRNA片段、Cytb和D-loop3个分子标记分析基因流（Nm）和分子变异方差分析（AMOVA），数据表明：拟缘鱼央6个群体间的基因交流比较频繁，遗传变异主要来自于群体内，群体间虽无显着性遗传分化，但长江上游干流群体与其支流群体出现了初步的遗传分化。（3）根据16SRNA片段、Cytb和D-loop分析数据描绘的错配分布图和Fu’sFs、Tajima’s D中性检验结果表明，拟缘鱼央历史上最近经历过了种群扩张事件，但群体扩张效果并不显着。2.微卫星的筛选及分析（1）利用磁珠富集的方法构建拟缘鱼央的微卫星DNA文库，经过克隆筛选，总共挑选出86个阳性克隆送商业公司测序，反馈显示其中有39个阳性克隆适合于微卫星引物设计。通过PCR技术，对设计的39对微卫星引物进行初步筛选，发现扩增的DNA条带清晰并且具有较高的多态性的引物有15对，余下24对引物的扩增结果不理想：单态或者扩增条带不清晰；选取其中12对微卫星引物用于种群结构分析。在拟缘鱼央的12个基因座位上分别检测到9（LM-11）-41（LM-17）个等位基因，总共有275个等位基因，平均每个位点22.92个等位基因，多态性信息含量PIC较为丰富，在0.46535（LM-11）-0.96748（LM-17）之间。Hardy–Weinberg equilibrium检验结果显示，拟缘鱼央的6个群体中都存在某些微卫星位点偏离HW检验的情况，其中LM-17座位在除江津、南充的其它4个群体中均偏离了平衡。可能的原因是检测样本量不足、位点突变或者种间杂交等。（2）拟缘鱼央的6个群体的平均等位基因数在5.00个（江津）-13.33（朱杨溪）之间；多态性信息含量PIC值域为0.40484（高场）—0.50950（爵溪）；观测杂合度HO值域为0.6459（朱杨溪）-0.7854（高场）；期望杂合度HE值域为0.7223（南充）—0.8031（朱杨溪），各项遗传参数表明：拟缘鱼央群体的遗传多样化水平比较高。（3）通过分子方差AMOVA分析，结果表明：线粒体分子标记和微卫星分子标记分析的结果是一致的，拟缘鱼央的遗传变异主要来自于群体内；虽然未出现显着性遗传分化，但长江上游干流群体与长江上游支流群体之间出现了初步遗传分化。因此，建议将拟缘鱼央种群划分为两个大管理单元，即：长江上游干流群体（朱杨溪、江津）和长江上游支流群体（水富、高场、爵溪、南充），同时还应注意稀有等位基因或特有等位基因丰富的群体（高场）和野生资源量紧缺的群体（江津）的保护。
夏月恒[6]（2013）在《黑龙江与长江流域蒙古鲌遗传多样性的线粒体ND2基因序列分析》文中提出蒙古鲌（Culter mongolicus）作为我国重要的淡水鱼类之一，具有很高的经济价值，在维持水域生态系统平衡中发挥重要作用。近年来，受环境污染、酷渔滥捕等人为因素影响，野生群体数量急剧减少、种质资源退化，保护蒙古鲌种质资源已刻不容缓。遗传多样性是开展生物资源保护和种质选育的物质基础，本研究测定了中国黑龙江和长江流域蒙古鲌线粒体DNA的ND2基因全序列，旨在分析中国蒙古鲌的遗传变异及种群历史动态，更好地保护和开发蒙古鲌遗传资源，主要结果如下：1、获得黑龙江和长江流域12个地理群体的199尾全长为1067bp的ND2基因全序列，检测出变异位点108个（占核苷酸总数的10.12%），其中简约信息位点69个。T、C、A、G4种碱基平均含量分别为23.3%、31.2%、32.4%、13.0%。群体间与群体内的遗传距离分别在0.000-0.005与0.000-0.004之间，没有达到亚种的分化标准。共发现27个单倍型，平均单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.856±0.013和0.01934±0.00162，呈现出较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性特点，表明蒙古鲌的遗传多样性较低。2、两两群体间遗传分化指数（Fst）和基因流（Nm）分析显示：在黑龙江流域中，抚远群体与兴凯湖群体高度分化（Fst=0.3067），与大兴凯湖群体、敦化群体属于中度分化（Fst分别为0.2412、0.2061），而与莲花水库群体、镜泊湖群体属于低度分化（Fst分别为0.1376和0.1096）。镜泊湖群体与莲花水库群体的Fst值为0.05648，属低度分化。长江流域中，除了汨罗群体与郧县群体间的Fst值为0.008小于0.05，其他群体间均表现出不同程度的遗传分化，其中合江群体与其它群体间的遗传分化差异最为显着（Fst>0.24797），均表现出高度分化。AMOVA分析表明，黑龙江流域与长江流域各地理群体间存在一定程度的遗传分化（种群间变异比例达到28.86%），而黑龙江水系各群体的遗传分化很小，种群内部是变异的主要来源，长江流域各群体的遗传分化主要表现在群体内和组内的群体间。Tajima’s D和Fu’s中性检测以及核苷酸不配对分析结果均表明，蒙古鲌作为一个整体曾经历过种群扩张，扩张时间T约为56万年，为更新世晚期。3、黑龙江与长江有一定程度的分化，可分别加以保护。长江上流的合江群体的遗传多样性最为丰富，与长江中下游群体间有明显分化，需要需优先保护；长江中下游太湖、郧县、安康和汨罗群体的遗传多样性也较为丰富，也可加强保护；云阳群体的遗传多样性最低，应引起重视，采取措施避免其遗传多样性的降低；兴凯湖与大兴凯湖群体间表现基因交流频繁，为一个大的随机交配群体，且它们的地理位置较近，故应该设立自然保护区以方便管理保护。
胡玉婷,杨少荣,黎明政,曹文宣,刘焕章[7]（2012）在《鄱阳湖及邻近水系银鲴的种群分化研究》文中进行了进一步梳理以2010～2011年采自鄱阳湖及邻近水系（赣江和洞庭湖）的7个地理种群的228例银鲴样本为研究对象,结合形态和线粒体Cytb数据,研究了银鲴种群的分化情况。主成分分析显示,银鲴地理种群间已具有一定的形态差异,尤其是赣江种群与其他种群间形态差异显着,能够明显区分。判别分析显示各地理种群间判别率较高,尤其是赣江种群高达100%。综合形态分析结果,银鲴各地理种群间形态差异明显。分子分析中,获得长度为1131bp的Cytb基因部分序列,共检测到107个单倍型。各地理种群单倍型多样性均较高（0.96471～0.99310）,核苷酸多样性均较低（0.00419～0.00560）。分子变异分析（AMOVA）表明,银鲴群体的遗传变异主要发生在地理种群内,地理种群间分化程度很低,相互间存在着广泛的基因交流。结合形态和分子分析结果,认为银鲴不同地理种群间的形态差异主要是其对特定环境适应的结果,而不是遗传分化所产生的。
乔德亮,何晓梅,韦传宝,杨露,胡利[8]（2011）在《细鳞斜颌鲴三个群体线粒体COⅡ基因的遗传变异》文中认为应用线粒体COⅡ基因序列分析了细鳞斜颌鲴（Plagiognathops microlepis）三个群体（梁子湖群体、龙窝湖群体和淮河群体）的遗传变异关系。结果显示:测序得到细鳞斜颌鲴线粒体COⅡ基因大小为681 bp,A+T含量（56%左右）明显高于G+C含量。三个群体18个个体共测出5种单倍型,42个核苷酸变异位点,多态位点百分率为6.17%。梁子湖群体含4种单倍型、6个变异位点,核苷酸多样性指数为0.004036,核苷酸多样性较丰富;龙窝湖群体和淮河群体各自只有1种单倍型,无变异位点。梁子湖-龙窝湖、淮河-梁子湖、淮河-龙窝湖群体间的遗传距离分别是0.002707、0.058901和0.059131。梁子湖-龙窝湖群体间遗传关系较近,而淮河-梁子湖、淮河-龙窝湖群体间亲缘关系较远。
乔德亮,何晓梅,韦传宝,杨露,胡利,李思发[9]（2011）在《细鳞斜颌鲴（Plagiognathops microlepis）三个群体线粒体Cytb基因的遗传变异》文中研究指明应用线粒体Cytb基因序列分析法,研究了细鳞斜颌鲴三个群体（梁子湖群体19尾、龙窝湖群体19尾、淮河群体18尾）的遗传变异关系.结果显示:细鳞斜颌鲴线粒体Cytb基因大小为1149 bp.三个群体共测出10种单倍型,116个核苷酸变异位点,多态位点百分率为10.09%,碱基组成中A+T含量（57%左右）明显高于G+C含量.淮河群体含5种单倍型、111个变异位点,核苷酸多样性指数为0.031223,核苷酸多样性最丰富;龙窝湖群体含3种单倍型、2个变异位点,核苷酸多样性指数为0.000550,核苷酸多样性最简单.梁子湖-龙窝湖、淮河-梁子湖、淮河-龙窝湖群体间的遗传距离分别是0.001530、0.084682和0.084335.梁子湖-龙窝湖群体间遗传关系较近,群体间的遗传分化仍在亚种范围内;而淮河-梁子湖、淮河-龙窝湖群体间亲缘关系较远,群体间的遗传分化可能已达到亚种水平的分化.
袁娟,张其中,罗芬[10]（2008）在《鱼类线粒体DNA及其在分子群体遗传研究中的应用》文中提出鱼类是脊椎动物亚门中种属数量最多的类群,分布广泛,起源复杂,拥有丰富的遗传多样性。多种自然和人为因素对鱼类遗传资源存在不同程度的作用,对鱼类生存和进化有重要影响。采用分子手段探讨鱼类遗传资源现状,可为遗传育种、鱼类进化研究和遗传资源保护等提供一定科学依据。以鱼类线粒体DNA（mtDNA）为代表的分子标记技术已被用于研究鱼类群体遗传结构及其与影响因素间的关系。本文综述了鱼类mtDNA的结构特征及其在鱼类分子群体遗传研究中的应用,对了解和运用mtDNA等分子标记研究鱼类群体遗传具有一定参考价值。
二、银鲴自然群体线粒体DNA的遗传分化（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、银鲴自然群体线粒体DNA的遗传分化（论文提纲范文）
（1）长江下游鳊种群生态学及遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 一 引言 |
| 1.1 研究概述 |
| 1.1.1 基本概述 |
| 1.1.2 研究进展 |
| 1.2 鱼类种群生态学研究 |
| 1.2.1 鱼类年龄 |
| 1.2.2 鱼类的生长 |
| 1.2.3 繁殖特性 |
| 1.2.4 种群动态研究 |
| 1.3 鱼类遗传多样性的研究 |
| 1.3.1 鱼类遗传多样性的研究技术 |
| 1.3.2 线粒体DNA分子标记在种群遗传中的应用 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 二 鳊的年龄材料研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样本采集 |
| 2.1.2 年龄材料处理(鳞片和耳石) |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 鳞片特征 |
| 2.2.2 耳石特征 |
| 2.2.3 耳石重量与年龄的关系 |
| 2.2.4 年龄结构 |
| 2.3 讨论 |
| 三 长江下游鳊生长特征与繁殖特性 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 样本采集 |
| 3.1.2 年龄材料和性腺的处理 |
| 3.1.3 数据处理 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 体长与体重的分布 |
| 3.2.2 体长与体重的关系 |
| 3.2.3 生长特征 |
| 3.2.4 生长指标 |
| 3.2.5 繁殖特性 |
| 3.3 讨论 |
| 四 长江下游鳊地理群体遗传多样性的研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样本采集 |
| 4.1.2 D-loop序列的扩增与测定 |
| 4.1.3 数据处理 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 D-loop控制区序列特征 |
| 4.2.2 单倍型分布 |
| 4.2.3 遗传多样性分析 |
| 4.2.4 遗传分化分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 长江下游鳊线粒体DNA D-loop区序列组成特点 |
| 4.3.2 长江下游鳊的地理群体遗传多样性 |
| 4.3.3 长江下游鳊的地理群体遗传距离及分化 |
| 五 长江下游典型江段鳊的种群参数估算 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 采样地点及方法 |
| 5.1.2 研究方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 渔获量特征 |
| 5.2.2 生物学特征 |
| 5.2.3 生长参数 |
| 5.2.4 死亡参数 |
| 5.2.5 单位补充渔获量 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 渔获量及生物学特征 |
| 5.3.2 种群参数估算及资源保护 |
| 六 总结与讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（2）弓背青鳉线粒体DNA遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 分类与形态 |
| 1.2 生物学特性 |
| 1.3 国内外对弓背青鳉研究现状 |
| 1.4 鱼类线粒体基因组研究意义 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 2 弓背青鳉的生态学调查 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 调查点的设立 |
| 2.1.2 采样及测量方法 |
| 2.1.3 室内繁养 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 水的物化指标 |
| 2.2.2 栖息生境 |
| 2.2.3 室内繁养 |
| 2.3 讨论 |
| 3 盐度对弓背青鳉受精卵孵化的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料来源 |
| 3.1.2 盐度梯度设置 |
| 3.2 结果 |
| 3.3 讨论 |
| 4 弓背青鳉遗传性别鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验试剂与仪器 |
| 4.1.3 引物合成 |
| 4.1.4 基因组DNA的提取 |
| 4.1.5 克隆测序 |
| 4.1.6 琼脂糖凝胶电泳 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 性别标记引物克隆与分析 |
| 4.2.2 弓背青鳉遗传性别的判定 |
| 4.2.3 弓背青鳉自然遗传性比 |
| 4.3 讨论 |
| 5 弓背青鳉线粒体基因组全序列测定与系统进化分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 试剂、仪器和设备 |
| 5.1.3 实验方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 弓背青鳉线粒体基因组组成与排列 |
| 5.2.2 碱基组成 |
| 5.2.3 蛋白质编码基因 |
| 5.2.4 转运RNA(tRNA)基因和核糖体RNA(rRNA)基因 |
| 5.2.5 非编码区 |
| 5.2.6 以mtDNA基因组为基础的分子系统进化树的构建 |
| 5.3 讨论 |
| 6 基于COⅠ基因与D-loop区的南方沿海弓背青鳉遗传多样性分析 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 材料 |
| 6.1.2 试剂、仪器和设备 |
| 6.1.3 实验方法 |
| 6.2 结果 |
| 6.2.1 基于mtDNACOⅠ基因的结果分析 |
| 6.2.2 基于mtDNAD-loop区的结果分析 |
| 6.2.3 核苷酸代替速率 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 碱基组成 |
| 6.3.2 遗传变异分析 |
| 6.3.3 根据COⅠ基因与D-loop区序列检测群体遗传多样性的结果比较 |
| 6.3.4 遗传多样性分析 |
| 6.3.5 遗传分化分析 |
| 6.3.6 群体动态历史 |
| 6.4 结语 |
| 7 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（3）基于分子系统学的鱼类种质鉴定技术（论文提纲范文）
| 1 生物系统分类技术的演变 |
| 2 鱼类系统分类和种质的鉴定技术 |
| 2.1 免疫学(immunology) |
| 2.2 巨分子(macromolecules) |
| 2.3 蛋白质或核酸的序列(protein or nucleotide se-quence) |
| 2.4 DNA杂合(hybridization) |
| 2.5 线粒体DNA(mt-DNA) |
| 2.6 环介导等温扩增(loop-mediated isothermal ampli-fication,LAMP) |
| 2.7 单核苷酸多态性技术(single nucleotide polymor-phism,SNP) |
| 2.8 DNA条形码(DNA barcoding) |
| 2.9 微卫星DNA标记(microsatellite) |
| 3 问题和展望 |
| 作者贡献 |
（4）不同水系银鲴自然群体线粒体COI基因遗传变异研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 2. 1 序列特征和遗传多样性 |
| 2. 2 单倍型分析和系统发生 |
| 2. 3 群体间遗传关系分析 |
| 2. 4 种群历史分析 |
| 3 讨论 |
| 3. 1 银鲴群体的遗传多样性 |
| 3. 2 银鲴种群间的遗传分化 |
（5）拟缘（鱼央）（Liobagrus marginatoides）遗传多样性及其种群结构分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 目录 |
| 第一章 研究综述 |
| 1.1 分子标记 |
| 1.1.1 常用的 DNA 分子标记种类 |
| 1.1.2 微卫星 DNA 分子标记 |
| 1.1.3 线粒体 DNA 分子标记的功能 |
| 1.2. 拟缘鱼央的研究概况和研究意义 |
| 1.2.1 拟缘鱼央的分类地位及其生物学特征 |
| 1.2.2 拟缘鱼央的研究现状和研究的意义 |
| 第二章 拟缘鱼央线粒体 DNA 的遗传多样性分析 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 主要实验仪器 |
| 2.1.3 主要实验试剂以及溶液制配 |
| 2.1.4 研究方法 |
| 2.2 数据分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 线粒体基因组 16s RNA 序列片段 |
| 2.3.1.1 核苷酸突变位点与单倍型分布 |
| 2.3.1.2 遗传结构 |
| 2.3.1.3 遗传结构种群扩张 |
| 2.3.2 线粒体 DNA 控制区 |
| 2.3.3 线粒体 cyt b |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 种群遗传多样性 |
| 2.4.2 群体遗传结构 |
| 2.4.3 物种保护建议 |
| 第三章 拟缘鱼央微卫星标记的开发及其遗传多样性分析 |
| 3.1 标本采集、实验材料 |
| 3.2 总 DNA 的提取 |
| 3.3 微卫星 DNA 文库构建 |
| 3.3.1 总 DNA 酶切 |
| 3.3.2 连接反应 |
| 3.3.3 PCR 扩增及产物回收 |
| 3.3.4 微卫星片段的富集 |
| 3.3.5 纯化 DNA 片段的克隆 |
| 3.3.6 菌液 PCR 扩增 |
| 3.3.7 序列筛选及微卫星引物设计 |
| 3.3.8 拟缘鱼央群体分析及数据处理 |
| 3.4 结果 |
| 3.4.1 微卫星位点多态性 |
| 3.4.2 群体遗传多样性 |
| 3.4.3 群体遗传结构 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 微卫星 DNA 序列的捕获 |
| 3.5.2 群体微卫星遗传分析 |
| 3.5.3 群体间遗传变异与保护 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表论文及资助项目 |
（6）黑龙江与长江流域蒙古鲌遗传多样性的线粒体ND2基因序列分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 目录 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 蒙古鲌概述 |
| 1.1.1 蒙古鲌的形态特征 |
| 1.1.2 蒙古鲌的生活习性和食性 |
| 1.1.3 蒙古鲌的经济价值 |
| 1.2 蒙古鲌的研究概述 |
| 1.2.1 蒙古鲌的生物学研究 |
| 1.2.2 蒙古鲌的生态学研究 |
| 1.2.2.1 蒙古鲌种群的生态现状 |
| 1.2.2.2 蒙古鲌的遗传多样性研究及现状 |
| 1.3 分子系统学综述 |
| 1.3.1 分子标记技术概述 |
| 1.3.2 构建分子系统树 |
| 1.3.2.1 算术平均的不加权对群法 (简称 UPGMA) |
| 1.3.2.2. 最大简约法 (简称 MP) |
| 1.3.2.3 最大似然法 (简称 ML) |
| 1.4 鱼类线粒体 DNA 分子标记的特点 |
| 1.4.1 鱼类线粒体 DNA 的主要特征 |
| 1.4.2 基于线粒体 DNA 的分子标记在鱼类遗传学上的应用 |
| 1.4.3 线粒体 ND2 基因在鱼类遗传学中的应用 |
| 1.5 本研究的目的意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验仪器和试剂 |
| 2.1.1 实验仪器 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 DNA 提取 |
| 2.3.2 DNA 检测 |
| 2.3.3 PCR 扩增 |
| 2.3.4 DNA 序列的数据处理 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 蒙古鲌线粒体 ND2 基因的序列特征 |
| 3.2 蒙古鲌的遗传多样性 |
| 3.2.1 蒙古鲌的单倍型分布 |
| 3.2.2 蒙古鲌的遗传多样性 |
| 3.3 蒙古鲌的遗传分化 |
| 3.4 蒙古鲌的系统发育树和最大简约统计图 |
| 3.5 蒙古鲌的种群动态 |
| 3.6 分子变异分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 蒙古鲌的遗传多样性 |
| 4.2 蒙古鲌的遗传分化 |
| 4.2.1 黑龙江水系和长江水系之间的遗传分化 |
| 4.2.2 黑龙江水系各群体之间的遗传分化 |
| 4.2.3 长江水系各群体之间的遗传分化 |
| 4.3 蒙古鲌的种群历史动态 |
| 4.4 蒙古鲌的遗传多样性保护 |
| 第五章 结语与展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
（7）鄱阳湖及邻近水系银鲴的种群分化研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 形态分析 |
| 1.2.1 形态度量方法 |
| 1.2.2 数据处理 |
| 1.3 线粒体Cyt b分析 |
| 1.3.1 基因组DNA的提取、PCR扩增及测序 |
| 1.3.2 数据处理及分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 形态分析结果 |
| 2.1.1 主成分分析 |
| 2.1.2 判别分析 |
| 2.1.3 聚类分析 |
| 2.2 线粒体Cyt b分析 |
| 2.2.1 Cyt b基因序列及其变异 |
| 2.2.2 种群间单倍型和核苷酸多样性 |
| 2.2.3 种群遗传距离和分化 |
| 2.2.4 群体历史过程 |
| 3 讨论 |
| 3.1 鄱阳湖及邻近水系银鲴对环境的适应及种群分化 |
| 3.2 鄱阳湖水系的鱼类资源保护 |
（8）细鳞斜颌鲴三个群体线粒体COⅡ基因的遗传变异（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 DNA提取和PCR扩增 |
| 1.2.2 基因序列测定及数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 PCR扩增 |
| 2.2 基因序列差异 |
| 2.3 分子系统遗传关系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 细鳞斜颌鲴三个群体的遗传多态性和遗传标记 |
| 3.2 细鳞斜颌鲴三个群体的亲缘关系和遗传分化 |
（10）鱼类线粒体DNA及其在分子群体遗传研究中的应用（论文提纲范文）
| 1 引言 (Introduction |
| 2 鱼类mt DNA的结构和特征 (Structure and geneticcharacteristics of fish mt DNA) |
| 3 鱼类mt DNA多态性的研究方法 (Study strategyon the polymorphism of fish mt DNA) |
| 4 mt DNA在鱼类分子群体遗传研究中的应用 (Application of mt DNA to the molecular population genetics of fish) |
| 4.1 群体遗传结构分析 |
| 4.2 类群识别 |
| 4.3 类群的地理分化 |
| 4.4 类群的起源、分化和扩散 |
| 5 展望 (Propects) |
四、银鲴自然群体线粒体DNA的遗传分化（论文参考文献）
- [1]长江下游鳊种群生态学及遗传多样性研究[D]. 刘思磊. 上海海洋大学, 2019(03)
- [2]弓背青鳉线粒体DNA遗传多样性分析[D]. 龙水生. 广东海洋大学, 2018(01)
- [3]基于分子系统学的鱼类种质鉴定技术[J]. 李瑶瑶,刘云国,刘凌霄,王敏强. 基因组学与应用生物学, 2017(01)
- [4]不同水系银鲴自然群体线粒体COI基因遗传变异研究[J]. 刘军,赵良杰,刘其根,张宏. 淡水渔业, 2015(06)
- [5]拟缘（鱼央）（Liobagrus marginatoides）遗传多样性及其种群结构分析[D]. 贾向阳. 重庆师范大学, 2014(01)
- [6]黑龙江与长江流域蒙古鲌遗传多样性的线粒体ND2基因序列分析[D]. 夏月恒. 暨南大学, 2013(02)
- [7]鄱阳湖及邻近水系银鲴的种群分化研究[J]. 胡玉婷,杨少荣,黎明政,曹文宣,刘焕章. 四川动物, 2012(05)
- [8]细鳞斜颌鲴三个群体线粒体COⅡ基因的遗传变异[J]. 乔德亮,何晓梅,韦传宝,杨露,胡利. 淡水渔业, 2011(05)
- [9]细鳞斜颌鲴（Plagiognathops microlepis）三个群体线粒体Cytb基因的遗传变异[J]. 乔德亮,何晓梅,韦传宝,杨露,胡利,李思发. 湖泊科学, 2011(05)
- [10]鱼类线粒体DNA及其在分子群体遗传研究中的应用[J]. 袁娟,张其中,罗芬. 生态科学, 2008(04)